allora, dando per scontato che si parli di reflex e dimenticando le partigianerie

, in realtà non c'è differenza qualitativa tra le due marche, tant'è che in qualsiasi evento in cui hai occasione di vedere dei fotografi professionisti vedrai che la ripartizione tra nikon e canon è più o meno fifty-fifty.
entrambe offrono una scelta di corpi macchina molto ampia da entry-level a profesionista, e un assortimento quasi infinito di lenti ed accessori, grazie anche ai produttori terzi (sigma e tamron in primis).
quindi il mio consiglio che ripeto sempre è, se vuoi un corpo macchina nuovo di seguire i volantini con le offerte speciali della grande distribuzione, se invece ti interessa un usato cerca il "penultimo modello" della fascia di prezzo che ti interessa, perchè si possono spuntare prezzi interessanti da chi magari ha appena fatto l'upgrade al modello appena uscito.
canon ha fama di essere più raffinata e delicata, e nikon di essere più robusta, ma francamente mi sembrano generalizzazioni piuttosto stantie.
altre marche, storiche come minolta o moderne come sony, non le prenderei in considerazione soprattutto per motivi di rivendibilità dell'usato
io ho una canon, per il semplice fatto che mio padre aveva una canon, e quando sono passato al digitale ho potuto ereditare delle buone lenti

, e quando parti con una certa via ben difficilmente si cambia strada...
PS: mi pare comunque che discussioni come questa ce ne siano più d'una, una bella occhiata alla funzione
cerca non sarebbe male
